L'histoire commence lorsque le détective Harry Goodman disparaît mystérieusement, ce qui incite son fils de 21 ans, Tim, à découvrir ce qui s'est passé. L'enquête...

L'histoire commence lorsque le détective Harry Goodman disparaît mystérieusement, ce qui incite son fils de 21 ans, Tim, à découvrir ce qui s'est passé. L'enquête est menée par l'ancien partenaire Pokémon de Harry, le détective Pikachu : un adorable détective à l'humour hilarant qui le laisse perplexe, lui-même. Découvrant qu'ils sont particulièrement bien équipés pour communiquer entre eux, Tim et Pikachu unissent leurs forces dans une aventure palpitante pour résoudre ce mystère complexe. En poursuivant ensemble des indices dans les rues éclairées au néon de Ryme City, une métropole tentaculaire et moderne où humains et Pokémon vivent côte à côte dans un monde d'action en direct hyperréaliste, ils rencontrent une distribution diversifiée de personnages Pokémon et découvrent un complot choquant qui pourrait détruire cette coexistence pacifique et menacer tout l'univers Pokémon.