Batman Ninja vs Yakuza League se déroule immédiatement après les événements du premier film. De retour du Japon féodal, Batman découvre que des changements historiques...

Batman Ninja vs Yakuza League se déroule immédiatement après les événements du premier film. De retour du Japon féodal, Batman découvre que des changements historiques ont bouleversé le présent. Le Japon a disparu de la carte du monde et une immense île nommée « Hinomoto » apparaît dans le ciel de Gotham. Batman et ses amis se rendent sur Hinomoto pour en découvrir la cause. Ils y découvrent un monde où règnent les yakuzas et où l'honneur est banni. Tout bascule lorsque Batman et ses amis affrontent Superman et la Ligue des Justiciers, désormais membres des yakuzas, pour ramener le monde à la normale.